Quá trình giải quyết các vụ việc liên quan đến bất động sản còn gặp phải khó khăn, vướng mắc chủ yếu sau: 
      Thông tin về tài sản phải thi hành án được mô tả trong các hồ sơ, tài liệu và bản án không đúng với thực tế: Vì tài sản là bất động sản khi thế chấp tại Ngân hàng để đảm bảo cho quan hệ tín dụng, các thông tin về tài sản được ghi trong hồ sơ tài sản thế chấp (hợp đồng thế chấp, biên bản định giá tài sản…), khi xét xử có nhiều trường hợp Tòa án không tiến hành xác minh thực tế chỉ căn cứ hồ sơ thế chấp để quyết định. Khi cơ quan thi hành án dân sự  tiến hành xác minh mới phát hiện có nhiều thông tin ghi trong hồ sơ tài sản, trong bản án không đúng với thực tế, đặc biệt là các vụ Tòa công nhận thỏa thuận của các đương sự (diện tích đất chênh lệch, chồng lấn, phát sinh tài sản hoặc công trình trên đất, thông tin về tài sản không rõ ràng…) gây khó khăn rất lớn đối với cơ quan Thi hành án dân sự trong quá trình tổ chức thi hành.
     Bản án tuyên thiếu hoặc tuyên không rõ ràng về phần tài sản phải thi hành: Trong thực tế có trường hợp bản án tuyên thiếu hoặc tuyên không rõ ràng về phần tài sản phải thi hành án như  bỏ sót người có quyền lợi liên quan đến tài sản hoặc tuyên thiếu một bộ phận tài sản, tuyên không rõ về phạm vi, giới hạn quyền của người được thi hành đối với tài sản hoặc tuyên thiếu nghĩa vụ của người được thi hành án khi được nhận tài sản thi hành án… dẫn đến nhiều khó khăn trong tổ chức thi hành của cơ quan Thi hành án dân sự. Ví dụ: Tại bản án dân sự về tranh chấp thừa kế do Tòa án tuyên có ghi: “ôngTrần Văn A được tiếp tục sở hữu, sử dụng căn nhà trên thửa đất số…”. Trong bản án Tòa án tuyên người được thi hành án chỉ được quyền sở hữu, sử dụng căn nhà, còn quyền sử dụng đất thì không đề cập đến, do vậy cơ quan Thi hành án dân sự không biết xử lý quyền sử dụng đất như thế nào.
     Khó khăn trong quá trình xác minh tài sản thi hành án: Việc tiến hành xác minh tài sản để thi hành án, địa chỉ của người phải thi hành án là khâu rất quan trọng để đảm bảo việc thi hành bản án được chính xác, là cơ sở để cơ quan Thi hành án dân sự tống đạt Quyết định thi hành án, giấy tờ liên quan đến thi hành án. Tuy nhiên khi biết được thông tin về việc cơ quan Thi hành án dân sự tổ chức thi hành án đối với tài sản, người phải thi hành án thường có hành vi tẩu tán tài sản hoặc cố tình trốn tránh không hợp tác. Trong trường hợp này buộc phải thực hiện các thủ tục như xác minh nơi ở của người phải thi hành án, tiến hành niêm yết công khai tại nơi có tài sản, nơi cư trú của người phải thi hành án… dẫn đến việc tổ chức thi hành án phải kéo dài hơn (nhiều vụ việc còn phát sinh khiếu nại về thủ tục nhằm kéo dài, cản trở quá trình thi hành án).
Sự phối hợp, hỗ trợ từ các cơ quan, ban ngành, tổ chức liên quan và chính quyền địa phương trong tổ chức cưỡng chế thi hành án: Trong trường hợp người phải thi hành án không tự nguyện thi hành buộc cơ quan Thi hành án dân sự phải ra quyết định cưỡng chế thi hành. Tuy nhiên, vì nhiều lý do khác nhau công tác phối hợp tại địa phương trong một số vụ việc còn chưa kịp thời dẫn đến việc cưỡng chế thường phải kéo dài, phát sinh chi phí. Đối với việc cưỡng chế tài sản đang thế chấp tại Ngân hàng để thực hiện nghĩa vụ với bên thứ ba càng phức tạp hơn, trong những trường hợp này, kết quả tổ chức cưỡng chế thi hành án phụ thuộc phần lớn vào thiện chí của Ngân hàng đang nắm giữ tài sản.
      Từ những khó khăn, vướng mắc trên cho thấy việc thi hành các bản án dân sự liên quan đến bất động sản đang là một thách thức rất lớn đối với cơ quan Thi hành án dân sự. Để bản án đã có hiệu lực của Tòa án được thi hành dứt điểm, đúng pháp luật, bảo đảm quyền lợi của người được thi hành án, cơ quan Thi hành án dân sự và Chấp hành viên phải thực sự khách quan, công tâm và có đủ bản lĩnh trong quá trình thực thi công vụ và Tòa án trong quá trình xét xử các vụ án cũng cần sự cẩn trọng, tỉ mỉ hơn trong việc xác minh tài sản, xác minh những người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan để đảm bảo bản án được tuyên một cách rõ ràng, đầy đủ nhất, tạo điều kiện thuận lợi cho công tác thi hành án. Bên cạnh đó các cơ quan, ban ngành, tổ chức liên quan và chính quyền địa phương cũng cần chủ động, tích cực và phối hợp một cách chặt chẽ, hiệu quả với cơ quan Thi hành án dân sự trong quá trình tổ chức cưỡng chế thi hành các bản án đã có hiệu lực pháp luật.