Qua 06 năm triển khai thi hành, Thông tư liên tịch số 04/2009/TTLT-BTP-BTC đã tạo tạo hành lang pháp lý trong việc xác định rõ đối tượng, điều kiện và phạm vi được đảm bảo tài chính, mức bảo đảm tài chính và nguồn kinh phí ngân sách bảo đảm tài chính để thi hành án,... trên thực tế đã bảo đảm một số trường hợp, về cơ bản là đáp ứng được yêu cầu thực tiễn. Tuy nhiên, trong quá trình triển khai thi hành, Thông tư liên tịch số 04/2009/TTLT-BTP-BTC cũng đã bộc lộ một số hạn chế, bất cập như: chưa quy định cụ thể về thời hạn cơ quan, tổ chức phải thi hành án có trách nhiệm lập hồ sơ đề nghị bảo đảm tài chính để thi hành án; chưa quy định cụ thể về lỗi và mức hoàn trả ngân sách nhà nước của người gây ra thiệt hại trong lĩnh vực bảo đảm tài chính; chưa có quy định các biện pháp chế tài cụ thể để thu hồi số tiền hoàn trả ngân sách nhà nước của những đối tượng gây ra thiệt hại đã nghỉ hưu, chuyển công tác,... khi họ không tự nguyện thực hiện trách nhiệm hoàn trả; chưa có quy định cụ thể về trách nhiệm của cơ quan trực tiếp quản lý người có lỗi gây ra thiệt hại trong việc thực hiện trách nhiệm hoàn trả;...