Nguyên nhân cơ bản của những hạn chế, yếu kém trên trước hết là do người đứng đầu cấp uỷ, cơ quan, tổ chức, đơn vị chưa quan tâm đúng mức công tác lãnh đạo, chỉ đạo phát hiện, xử lý tham nhũng, chưa ý thức đầy đủ hậu quả của tham nhũng ảnh hưởng trực tiếp đến lòng tin của nhân dân vào Đảng và Nhà nước, sự tồn vong của chế độ; chưa thực sự coi chống tham nhũng là nhiệm vụ quan trọng, thường xuyên. Quy định pháp luật chưa hoàn thiện, có những nội dung chưa phù hợp, khó áp dụng; một số cơ chế, chính sách quản lý kinh tế - xã hội còn sơ hở, chưa theo kịp tình hình thực tiễn. Tổ chức bộ máy, đội ngũ cán bộ, phương tiện làm việc và sự phối hợp giữa các cơ quan, đơn vị có nhiệm vụ trực tiếp phát hiện, xử lý tham nhũng còn bất cập. Chưa phát huy tốt vai trò giám sát của các cơ quan dân cử, sức mạnh tổng hợp của cả hệ thống chính trị và nhân dân trong phát hiện và xử lý tham nhũng. Hợp tác quốc tế về phòng, chống tham nhũng kết quả còn hạn chế.
Để nâng cao hiệu quả công tác phát hiện, xử lý các vụ việc, vụ án tham nhũng, ngày 07 tháng 12 năm 2015, Bộ Chính trị đã ban hành Chỉ thị số 50-CT/TW về tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác phát hiện, xử lý vụ việc tham nhũng, trong đó yêu cầu cấp uỷ, tổ chức đảng các cấp tăng cường lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện tốt một số nhiệm vụ, giải pháp sau đây :
Một là, Người đứng đầu cấp uỷ, tổ chức đảng, nhà nước, đoàn thể, cơ quan, đơn vị phải gương mẫu thực hiện và có trách nhiệm trực tiếp chỉ đạo công tác phòng, chống tham nhũng; chủ động tự phát hiện vụ việc có dấu hiệu tham nhũng trong tổ chức, cơ quan, đơn vị, địa phương mình. Kết quả công tác phòng, chống tham nhũng là thước đo đánh giá phẩm chất, năng lực, trách nhiệm và mức độ hoàn thành nhiệm vụ của người đứng đầu. 
Xử lý kịp thời, nghiêm minh người đứng đầu để xảy ra tham nhũng trong cơ quan, tổ chức, đơn vị do mình trực tiếp lãnh đạo, quản lý nhưng không chủ động phát hiện, xử lý, nhất là đối với trường hợp bao che, ngăn cản việc phát hiện, xử lý tham nhũng.
Hai là, nghiên cứu hoàn thiện pháp luật về phát hiện, xử lý các vụ việc, vụ án tham nhũng sát với thực tiễn của nước ta và phù hợp các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Các hành vi tham nhũng phải được quy định thống nhất trong Bộ Luật Hình sự, Luật Phòng, chống tham nhũng và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan. Sửa đổi, bổ sung pháp luật về thanh tra, kiểm toán theo hướng xác định rõ thẩm quyền, trách nhiệm của mỗi cơ quan trong việc phát hiện, xử lý tham nhũng; các trường hợp có dấu hiệu tội phạm qua thanh tra, kiểm toán phải chuyển hồ sơ vụ việc cho cơ quan điều tra; quy định cụ thể trách nhiệm và quan hệ phối hợp giữa các cơ quan, tổ chức, đơn vị chức năng trong phát hiện, xử lý hành vi tham nhũng.
Hoàn thiện pháp luật về giám định tư pháp nhằm khắc phục những khó khăn, vướng mắc trong công tác giám định tư pháp phục vụ việc giải quyết các vụ án tham nhũng, kinh tế.
Nghiên cứu sửa đổi, bổ sung Luật Tố cáo, bảo đảm các tố cáo về tham nhũng phải được giải quyết kịp thời, tránh tình trạng đùn đẩy, bao che, không giải quyết hoặc giải quyết không đúng quy định pháp luật.
Ba là, nâng cao hiệu quả phát hiện, xử lý tham nhũng thông qua công tác thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, điều tra, giải quyết tố cáo, xử lý tố giác, tin báo tội phạm, kiểm soát tài sản, thu nhập của cán bộ, công chức, viên chức.
Tăng cường trách nhiệm của Quốc hội, Hội đồng nhân dân các cấp trong giám sát công tác phát hiện, xử lý tham nhũng. Phát huy tốt hơn nữa vai trò, trách nhiệm của xã hội, nhất là Uỷ ban Mặt trận Tổ quốc và các tổ chức thành viên, ban thanh tra nhân dân và các cơ quan thông tin đại chúng trong phát hiện tham nhũng. Thực hiện tốt Quy chế dân chủ cơ sở; tạo điều kiện, khuyến khích cán bộ, đảng viên, công chức, viên chức, người lao động phát hiện các hành vi tham nhũng. Bảo vệ, khen thưởng xứng đáng người dũng cảm tố cáo hành vi tham nhũng; đồng thời xử lý nghiêm mọi hành vi trù dập, trả thù người tố cáo tham nhũng hoặc lợi dụng việc tố cáo tham nhũng để gây mất đoàn kết nội bộ, vu khống, hãm hại người khác.
Đẩy mạnh và nâng cao hiệu quả kiểm tra, giám sát công tác phát hiện, xử lý tham nhũng đối với cơ quan, đơn vị chức năng có nhiệm vụ trực tiếp thực hiện công tác phát hiện, xử lý vụ việc, vụ án tham nhũng.
Bốn là, tập trung xác minh, điều tra làm rõ, xử lý nghiêm minh, đúng pháp luật những vụ việc, vụ án tham nhũng được phát hiện, với nguyên tắc : Tích cực, khẩn trương; làm rõ đến đâu xử lý đến đó; không phân biệt người có hành vi tham nhũng là ai, đã có dấu hiệu tội phạm phải khởi tố điều tra và đã kết luận có tội thì phải truy tố, xét xử. Chú trọng áp dụng các biện pháp điều tra tố tụng đặc biệt theo quy định của pháp luật để kịp thời phát hiện, xử lý hành vi tham nhũng. Chấn chỉnh, xử lý kịp thời các vi phạm trong công tác phát hiện, xử lý tham nhũng; khắc phục tình trạng hành vi tham nhũng có dấu hiệu tội phạm, nhưng chỉ xử lý kỷ luật hành chính, kinh tế. Hằng năm, ở từng cấp cần chọn án điểm để chỉ đạo xử lý, qua đó rút kinh nghiệm để làm tốt hơn.
Trong xử lý tham nhũng phải xác minh rõ, chính xác tài sản của người có hành vi tham nhũng; áp dụng kịp thời các biện pháp thu hồi tối đa tài sản do tham nhũng mà có trong quá trình thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, điều tra, truy tố, xét xử, thi hành án. Xử lý nghiêm minh những cán bộ không tích cực thu hồi hoặc cản trở hoạt động thu hồi tài sản tham nhũng.
Tăng cường phối hợp giữa các cơ quan, tổ chức, đơn vị chức năng, kịp thời tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong phát hiện, điều tra, xử lý các vụ việc, vụ án tham nhũng.
Năm là, tiếp tục củng cố, kiện toàn bộ máy, cán bộ tham mưu cho các cấp uỷ, tổ chức đảng và cơ quan, đơn vị trực tiếp thực hiện nhiệm vụ phát hiện, xử lý vụ việc, vụ án tham nhũng.
Sơ kết tổ chức, hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng, Ban Nội chính Trung ương và ban nội chính các tỉnh uỷ, thành uỷ để có sự điều chỉnh theo hướng cụ thể hơn về thẩm quyền, trách nhiệm trong công tác phát hiện, xử lý vụ việc, vụ án tham nhũng.
Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan nghiên cứu, đề xuất mô hình cơ quan, đơn vị chuyên trách chống tham nhũng theo hướng tăng thẩm quyền, trách nhiệm trong thực hiện nhiệm vụ. Trước mắt, đổi mới phương thức hoạt động, củng cố, bổ sung, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, tăng cường phương tiện làm việc của các cơ quan, đơn vị chuyên trách chống tham nhũng. Có chế độ đãi ngộ phù hợp đối với cán bộ, công chức trong các đơn vị chuyên trách chống tham nhũng.
Sáu là, đẩy mạnh công tác truyền thông về công tác phát hiện, xử lý vụ việc, vụ án tham nhũng. Công khai trên các phương tiện thông tin đại chúng kết quả phát hiện, xử lý các vụ việc, vụ án tham nhũng, các vi phạm trong công tác phát hiện, xử lý vụ việc, vụ án tham nhũng và kết quả xử lý những vi phạm đó.
Bảy là, tăng cường hợp tác có hiệu quả với các quốc gia, tổ chức quốc tế trong việc xử lý tội phạm tham nhũng. Chủ động đàm phán, ký kết các hiệp định tương trợ tư pháp với các nước; thực thi công ước của Liên hợp quốc về chống tham nhũng theo đúng lộ trình, phù hợp điều kiện, quy định của pháp luật Việt Nam.
Nguyễn Xuân Tùng