Thông tư ra đời đã giúp cho công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo về thi hành án dân sự có nhiều chuyển biến tích cực, một số lượng không nhỏ đơn thư khiếu nại, tố cáo đã được giải quyết kịp thời, chất lượng giải quyết được nâng lên; nhiều vụ việc khiếu nại, tố cáo phức tạp, gay gắt, kéo dài đã được giải quyết dứt điểm. Các quy định về trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại, tố cáo trong thông tư đã giúp cho công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo trong toàn hệ thống thi hành án dân sự từng bước được hình thành, hoàn thiện từ trung ương đến địa phương. Bên cạnh đó, công tác tuyên truyền, hướng dẫn, tổ chức thực hiện và thanh tra, kiểm tra việc thực hiện các quy định về giải quyết khiếu nại, tố cáo; công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ công chức làm công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo và tiếp công dân ngày càng được quan tâm, chú trọng.  
Tuy nhiên, sau hơn ba năm thực hiện, thực tiễn triển khai Thông tư số 02/2016/TT-BTP  vẫn còn những tồn tại, bất cập. Đặc biệt, kể từ khi Luật tố cáo năm 2018; Nghị định số 31/2019/NĐ-CP ngày 10/4/2019 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp tổ chức thi hành Luật tố cáo được ban hành và có hiệu lực pháp luật, nhiều quy định mới liên quan đến tiếp nhận, xử lý tố cáo; trình tự, thủ tục giải quyết tố cáo; điều kiện thụ lý tố cáo... thì một số quy định trong Thông tư 02/2016/TT-BTP có mâu thuẫn hoặc không còn phù hợp thực tiễn, cụ thể :
* Về tố cáo
- Thời hạn xử lý đơn tố cáo: Theo Thông tư số 02 “trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày được phân công, công chức nghiên cứu nội dung đơn tố cáo, đề xuất người có thẩm quyền xử lý…”. Luật Tố cáo năm 2018 quy định “Trong thời hạn 07 ngày làm việc kể từ ngày nhận được tố cáo, cơ quan, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm vào sổ, phân loại, xử lý ban đầu thông tin tố cáo…”.
- Về thời hạn giải quyết tố cáo: theo Điều 157 Luật THADS quy định thời hạn giải quyết tố cáo là 60 ngày, kể từ ngày thụ lý; đối với vụ việc phức tạp thì thời hạn giải quyết tố cáo có thể dài hơn, nhưng không quá 90 ngày. Hiện nay, Luật Tố cáo năm 2018 quy định thời hạn giải quyết tố cáo là không quá 30 ngày kể từ ngày thụ lý; đối với vụ việc phức tạp thì có thể gia hạn giải quyết tố cáo một lần nhưng không quá 30 ngày; đối với vụ việc đặc biệt phức tạp thì có thể gia hạn giải quyết tố cáo hai lần, mỗi lần không quá 30 ngày (Điều 30).
- Điều 40 Luật Tố cáo năm 2018 quy định về thời gian công khai kết luận là 07 ngày làm việc. Thông tư số 02 chưa quy định về thời gian công khai kết luận nội dung tố cáo. Vì vậy, cần quy định cụ thể thời gian phải công khai kết luận tố cáo là trong thời hạn bao nhiêu ngày.
- Tại Điều 3 Nghị định 31 quy định tiêu chí về vụ việc phức tạp, vụ việc đặc biệt phức tạp. Thông tư số 02 chưa có quy định về tiêu chí này.
- Hiện nay, có nhiều đơn tố cáo về hành vi của Phó Thủ trưởng cơ quan thi hành án dân sự, người tố cáo chỉ rõ Phó Thủ trưởng có hành vi A, B, C vv...tuy nhiên, thực chất vấn đề, Phó Thủ trưởng chỉ là người ký thay Thủ trưởng cơ quan thi hành án dân sự. Tại khoản 1 Điều 157 Luật Thi hành án dân sự quy định “Tố cáo hành vi vi phạm pháp luật mà người tố cáo thuộc thẩm quyền quản lý của cơ quan, tổ chức nào thì người đứng đầu cơ quan, tổ chức đó có trách nhiệm giải quyết”. Như vậy, trong trường hợp này, thẩm quyền giải quyết tố cáo thuộc Thủ trưởng cơ quan thi hành án cùng cấp hay Thủ trưởng cơ quan thi hành án cấp trên trực tiếp, Thông tư 02 cần quy định cụ thể, rõ ràng hơn để người có thẩm quyền và những người làm công tác giải quyết tố cáo thuận lợi hơn trong việc xử lý, tham mưu và giải quyết tố cáo.
- Luật Tố cáo 2018 cũng có nhiều quy định mới, liên quan đến tiếp nhận, xử lý tố cáo nặc danh (Điều 25); quy định trình tự giải quyết tố cáo rút gọn hơn gồm 04 bước so với 05 bước trước đây (Điều 28); bổ sung quy định về trường hợp rút tố cáo nếu nhiều người cùng tố cáo nhưng chỉ có một số người rút tố cáo (Điều 33)... Các nội dung này cũng cần được hướng dẫn cụ thể hơn.
* Về khiếu nại
- Tại Điều 10 Thông tư 02 quy định “trường hợp người khiếu nại rút một phần hoặc toàn bộ khiếu nại thì người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại ra Thông báo đình chỉ việc giải quyết khiếu nại đối với nội dung khiếu nại đã rút và thông áo cho người khiếu nại biết...”. Tuy nhiên, hiện nay chưa có quy định cụ thể đối với trường hợp người khiếu nại chết thì sẽ tiếp tục xử lý như thế nào. Bộ luật dân sự năm 2015 quy định Hợp đồng chấm dứt trong trường hợp: “Cá nhân giao kết hợp đồng chết, pháp nhân giao kết hợp đồng chấm dứt tồn tại mà hợp đồng phải do chính cá nhân, pháp nhân đó thực hiện” (khoản 3 Điều 422). Đây là điểm gây lúng túng cho người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại, người tham mưu giải quyết khiếu nại.
- Nội dung khiếu nại, tố cáo của công dân ngày càng trở nên phức tạp, đặc biệt khiếu nại, tố cáo liên quan đến giao đất; cưỡng chế kê biên, xử lý tài sản là quyền sử dụng đất. Các hành vi bị khiếu nại, tố cáo chủ yếu là xác định diện tích, ranh giới, tứ cận, vị trí… Hiện nay, người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại phải thực hiện xác minh thực địa đối với rất nhiều trường hợp để làm cơ sở giải quyết khiếu nại, tố cáo, tuy nhiên, Thông tư 02 chưa quy định chủ thể phải chịu các chi phí xác minh thực địa (đo đạc quyền sử dụng đất) hoặc trưng cầu giám định; người khiếu nại, tố cáo hay Ngân sách nhà nước phải chịu chi phí và trình tự, thủ tục thu nộp các chi phí này trong quá trình giải quyết khiếu nại, tố cáo đối với các vụ việc phải tiến hành xác minh.
- Điểm b khoản 1 điều 145 Luật Thi hành án dân sự năm 2008 có quy định: “Người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại có quyền tạm dừng việc thực hiện quyết định, hành vi bị khiếu nại hoặc yêu cầu cơ quan THADS tạm ngừng việc thi hành án trong thời hạn giải quyết khiếu nại theo quy định của Luật này, nếu xét thấy việc thi hành án sẽ ảnh hưởng đến quyền, lợi ích  hợp pháp của đương sự hoặc ảnh hưởng đến việc giải quyết khiếu nại”. Như vậy, vấn đề tạm dừng thi hành án, các vấn đề phát sinh khi tạm dừng thi hành án cần phải được hướng dẫn cụ thể hơn.
- Hiện nay có nhiều khiếu nại, tố cáo về hành vi (Thông báo) không thụ lý giải quyết khiếu nại của Thủ trưởng cơ quan Thi hành án dân sự hoặc Thủ trưởng cơ quan quản lý thi hành án dân sự. Người khiếu nại, tố cáo cho rằng nội dung không thụ lý là chưa đúng. Từ thực tiễn giải quyết khiếu nại cho thấy, Thủ trưởng cơ quan thi hành án dân sự, Thủ trưởng cơ quan quản lý thi ành án dân sự không thụ lý giải quyết khiếu nại là do đã hết thời hiệu khiếu nại hoặc người khiếu nại hoặc quyết định, hành vi bị khiếu nại không liên quan trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của người khiếu nại vv...theo quy định tại Điều 141 Luật Thi hành án dân sự; trong trường hợp không thụ lý “thì phải thông báo và nêu rõ lý do”. Như vậy, xét về trình tự thủ tục, người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần đầu đã không có cơ sở để thụ lý giải quyết, nếu người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần hai thụ lý giải quyết về hành vi không giải quyết khiếu nại của người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần đầu tức là sẽ phải xem xét và giải quyết toàn diện vụ việc, như vậy sẽ trái với các quy định nêu trên; tuy nhiên, chưa có quy định cụ thể trường hợp này người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần hai không phải thụ lý giải quyết. Do đó, cần có hướng dẫn, quy định cụ thể việc xử lý, giải quyết trong trượng hợp này.
- Thông tư số 02 chưa có quy định về thẩm quyền, trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại, tố cáo đối với các trường hợp người bị khiếu nại, tố cáo đã nghỉ hưu, cũng như cơ chế xử lý nếu những người này không hợp tác với cơ quan có thẩm quyền giải quyết khiếu nại, tố cáo.
* Về đề nghị, kiến nghị, phản ánh
Tại Điều 28 Thông tư 02 quy định “Trong thời gian 03 ngày làm việc, kể từ ngày được phân công, công chức phải đề xuất người có thẩm quyền xử lý như sau: Trường hợp đề nghị, kiến nghị, phản ánh thuộc thẩm quyền thì có văn bản trả lời người có đề nghị, kiến nghị, phản ánh (khoản 1)...”. Từ thực tiễn trả lời đơn cho thấy, một số trường hợp muốn trả lời được nội dung đề nghị, kiến nghị, phản ánh của công dân, người có thẩm quyền trả lời đơn hay cơ quan thi hành án cấp trên cần phải yêu cầu cung cấp hồ sơ hoặc xem xét hồ sơ thi hành án để làm cơ sở trả lời. Như vậy, quy định thời hạn 03 ngày người có thẩm quyền phải trả lời người có đề nghị, kiến nghị, phản ánh là quá ngắn và chưa phù hợp thực tế. Cần phải tính đến thời gian yêu cầu cung cấp hồ sơ, tài liệu của Chấp hành viên, của cơ quan thi hành án dân sự cấp dưới.
Ngoài ra, cũng cần sửa đổi, bổ sung một số căn cứ ban hành Thông tư 02. Các căn cứ Luật tố cáo 2011; Nghị định số 76/2012/NĐ-CP ngày 03/10/2012 là không còn phù hợp.
Từ những vướng mắc, bất cập nêu trên, thiết nghĩ cần phải sửa đổi, bổ sung Thông tư số 02/2016/TT-BTP cho phù hợp với các quy định của pháp luật mới ban hành và thực tiễn công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo, đề nghị, kiến nghị, phản ánh trong thi hành án dân sự.