Trong đó, về nguyên tắc xử lý kỷ luật, Nghị định bổ sung quy định: Quyết định xử lý kỷ luật cán bộ, công chức, viên chức có hiệu lực 12 tháng kể từ ngày có hiệu lực thi hành; đối với trường hợp bị kỷ luật bằng hình thức khiển trách, cảnh cáo, giáng chức, cách chức thì việc quy hoạch, bổ nhiệm ứng cử vào chức vụ cao hơn, bố trí công tác cán bộ áp dụng hiệu lực theo quy định của cơ quan có thẩm quyền. 
Trường hợp đã có quyết định kỷ luật về đảng thì hiệu lực của quyết định xử lý kỷ luật hành chính tính từ ngày quyết định kỷ luật về đảng có hiệu lực. Trong thời gian này, nếu không tiếp tục có hành vi vi phạm pháp luật đến mức phải xử lý kỷ luật thì quyết định xử lý kỷ luật đương nhiên chấm dứt hiệu lực mà không cần phải có văn bản về việc chấm dứt hiệu lực.
Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức tiếp tục có hành vi vi phạm đến mức bị xử lý kỷ luật trong thời gian đang thi hành quyết định xử lý kỷ luật thì xử lý theo quy định tại khoản 3 Điều 2 Nghị định này. Quyết định kỷ luật đang thi hành chấm dứt hiệu lực kể từ thời điểm quyết định kỷ luật đối với hành vi vi phạm pháp luật mới có hiệu lực. Các tài liệu liên quan đến việc xử lý kỷ luật và quyết định kỷ luật phải được lưu giữ trong hồ sơ cán bộ, công chức, viên chức. Hình thức kỷ luật phải ghi vào lý lịch của cán bộ, công chức, viên chức.
Cán bộ, công chức, viên chức có hành vi vi phạm trong thời gian công tác tại cơ quan, tổ chức, đơn vị cũ đến khi chuyển sang cơ quan, tổ chức, đơn vị mới mới phát hiện hành vi vi phạm đó và vẫn còn trong thời hiệu xử lý kỷ luật thì cấp có thẩm quyền của cơ quan, tổ chức, đơn vị mới thực hiện việc xem xét xử lý kỷ luật và áp dụng hình thức kỷ luật theo quy định pháp luật tương ứng với vị trí cán bộ, công chức, viên chức hiện đang đảm nhiệm. 
Đối với trường hợp này, cơ quan, tổ chức, đơn vị cũ có trách nhiệm cung cấp toàn bộ hồ sơ liên quan đến hành vi vi phạm và cử người phối hợp trong quá trình xem xét, xử lý kỷ luật. Các quy định về đánh giá, xếp loại chất lượng và các quy định khác có liên quan được tính ở đơn vị cũ. 
Không được cử vợ, chồng, cha đẻ, mẹ đẻ; cha, mẹ (vợ hoặc chồng), cha nuôi, mẹ nuôi; con đẻ, con nuôi; anh, chị, em ruột; cô, dì, chú, bác, cậu ruột; anh, chị, em ruột của vợ hoặc chồng; vợ hoặc chồng của anh, chị, em ruột hoặc người có quyền, nghĩa vụ liên quan đến hành vi vi phạm bị xem xét xử lý kỷ luật là thành viên Hội đồng kỷ luật hoặc là người chủ trì cuộc họp kiểm điểm.
Nghị định cũng sửa đổi khoản 1, khoản 2, khoản 4 và khoản 6 Điều 2 nguyên tắc xử lý kỷ luật.
Cụ thể, việc xử lý kỷ luật phải bảo đảm khách quan, công bằng; công khai, nghiêm minh; chính xác, kịp thời; đúng thẩm quyền, trình tự, thủ tục.
Mỗi hành vi vi phạm chỉ bị xử lý một lần bằng một hình thức kỷ luật. Trong cùng một thời điểm xem xét xử lý kỷ luật, nếu cán bộ, công chức, viên chức có từ 02 hành vi vi phạm trở lên thì xem xét, kết luận về từng hành vi vi phạm và quyết định chung bằng một hình thức cao nhất tương ứng với hành vi vi phạm. 
Khi xem xét xử lý kỷ luật phải căn cứ vào nội dung, động cơ, tính chất, mức độ, hậu quả, nguyên nhân vi phạm, hoàn cảnh cụ thể; các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ; thái độ tiếp thu và sửa chữa; việc khắc phục khuyết điểm, vi phạm, hậu quả; các trường hợp khác theo quy định của Đảng và của pháp luật được tính là căn cứ để xem xét miễn kỷ luật hoặc giảm nhẹ trách nhiệm. 
Cán bộ, công chức, viên chức bị xử lý kỷ luật về đảng thì trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kỷ luật về đảng, cơ quan, tổ chức, đơn vị phải thực hiện quy trình xử lý kỷ luật hành chính (nếu có), trừ trường hợp chưa xem xét xử lý kỷ luật quy định tại Điều 3 Nghị định này.
Hình thức kỷ luật hành chính phải bảo đảm tương xứng với kỷ luật về đảng. Trường hợp bị xử lý kỷ luật về đảng bằng hình thức cao nhất thì cơ quan tham mưu về tổ chức, cán bộ báo cáo cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật xem xét, quyết định xử lý kỷ luật hành chính bằng hình thức cao nhất nếu thuộc một trong các trường hợp quy định tại Điều 13, Điều 14, Điều 19 Nghị định này; nếu không thuộc một trong các trường hợp nêu trên thì báo cáo cấp có thẩm quyền quyết định xử lý kỷ luật bằng hình thức cách chức đối với cán bộ, công chức, viên chức giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý; hạ bậc lương đối với công chức không giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý hoặc cảnh cáo đối với viên chức không giữ chức vụ quản lý. 
Trường hợp còn có ý kiến khác nhau về việc xác định hình thức kỷ luật hành chính tương xứng với hình thức xử lý kỷ luật về đảng cao nhất thì cấp có thẩm quyền quyết định việc thành lập Hội đồng xử lý kỷ luật để tham mưu; tham khảo ý kiến bằng văn bản của tổ chức Đảng ra quyết định xử lý kỷ luật đảng viên trước khi quyết định.
Trường hợp có thay đổi về hình thức xử lý kỷ luật về đảng thì phải thay đổi hình thức xử lý kỷ luật hành chính tương xứng. Thời gian đã thi hành quyết định xử lý kỷ luật cũ được trừ vào thời gian thi hành quyết định xử lý kỷ luật mới (nếu còn). Trường hợp cấp có thẩm quyền của Đảng quyết định xóa bỏ quyết định xử lý kỷ luật về đảng thì cấp có thẩm quyền xử lý kỷ luật hành chính phải ban hành quyết định hủy bỏ quyết định xử lý kỷ luật hành chính.