Thực tế có nhiều vụ việc như: khi công ty A phá sản thì giá trị tài sản còn lại trừ đi chi phí là số tiền tạm ứng chi phí phá sản và các chi phí phát sinh thực tế trước khi tuyên bố phá sản đã được quyết toán, phần còn lại được chuyển tới cơ quan THADS để thanh toán cho chủ nợ không có đảm bảo là công ty B sau khi tuyên bố phá sản. 
Theo quy định tại Điều 36 Luật THADS thì trong trường hợp này, quyết định tuyên bố phá sản thuộc diện Cơ quan THADS chủ động ra quyết định thi hành án. Từ đó đặt ra vướng mắc là Công ty B có phải nộp phí thi hành án khi nhận tiền từ việc thanh lý tài sản của Công ty A không?
Có quan điểm cho rằng công ty B phải chịu phí thi hành án vì theo quy định tại Điều 1 Luật THADS thì quyết định của Tòa án giải quyết phá sản là một trong những bản án, quyết định được thi hành theo Luật THADS. Theo khoản 2 Điều 3 Luật THADS thì “người được thi hành án là cá nhân, cơ quan tổ chức được hưởng quyền, lợi ích trong các bản án, quyết định được thi hành”. Do đó, việc xác định tư cách người được thi hành án căn cứ vào các bản án, quyết định của Tòa án được thi hành mà không phụ thuộc vào việc quyết định thi hành án được ban hành theo đơn yêu cầu của người được thi hành án hay do cơ quan thi hành án dân sự chủ động ban hành
Về vấn đề chịu phí thi hành án, tại Điều 60 Luật THADS quy định nguyên tắc “Người được thi hành án phải nộp phí THADS” và Điều 2 của Thông tư số 216/2016/TT-BTC ngày 10/11/2016 của Bộ Tài chính quy định: “Người được thi hành án khi nhận được tiền, tài sản theo bản án, quyết định của Tòa án, quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh của Hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh; phán quyết, quyết định của Trọng tài thương mại phải nộp phí THADS theo quy định tại Thông tư này”. Mặt khác, người được thi hành án trong các vụ việc phá sản cũng không thuộc các trường hợp không thu phí thi hành án quy định tại Điều 6 và các trường hợp miễn, giảm phí thi hành án quy định tại Điều 7 Thông tư số 216/2016/TT-BTC ngày 10/11/2016 của Bộ Tài chính nêu trên.
Ngoài ra, theo Điều 119 Luật Phá sản quy định: “Thẩm quyền thi hành quyết định tuyên bố phá sản được thực hiện theo quy định của Luật này, pháp luật về THADS và quy định khác của pháp luật có liên quan”. Do đó, việc thi hành quyết định tuyên bố phá sản phải chịu sự điều chỉnh của Luật THADS và các văn bản hướng dẫn thi hành bao gồm cả Thông tư số 216/2016/TT-BTC ngày 10/11/2016 của Bộ Tài chính. 
Tuy nhiên, cũng có quan điểm khác cho rằng công ty B không phải chịu phí thi hành án vì tại Điều 2 của Thông tư số 216/2016/TT-BTC ngày 10/11/2016 của Bộ Tài chính chỉ quy định: “Người được thi hành án khi nhận tiền, tài sản theo bản án, quyết định của Tòa án, quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh của hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh; phán quyết, quyết định của Trọng tài thương mại phải nộp phí THADS theo quy định tại Thông tư này”. Do đó, việc thi hành án phá sản không thuộc diện chịu phí thi hành án do không chịu sự điều chỉnh của Thông tư này.
Mặt khác, tại khoản 6 Điều 6 của Thông tư số 216/2016/TT-BTC quy định trường hợp bản án, quyết định của Tòa án xác định không có giá ngạch và không thu án phí có giá ngạch khi xét xử thì không phải chịu phí THADS. Mặt khác, Luật phá sản và Nghị quyết số 326/2016/NQ-UBTVQH14 ngày 30/12/2016 quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án quy định là khi nộp đơn yêu cầu mở thủ tục phá sản thì chỉ phải nộp “Lệ phí nộp đơn yêu cầu mở thủ tục phá sản”. Theo đó, đối với các vụ việc liên quan đến phá sản, Tòa án chỉ thu lệ phí nộp đơn yêu cầu mở thủ tục phá sản mà không đặt ra án phí giá ngạch. Do đó, trong trường hợp người được nhận tiền, tài sản trong các vụ việc phá sản thì không phải nộp phí thi hành án.
Do vậy, để thống nhất trong việc áp dụng các quy định pháp luật trong các vụ việc thi hành án phá sản nói chung và thu phí THADS nói riêng, Bộ Tư pháp, Tòa án nhân dân tối cao và các cơ quan liên quan cần tiếp tục nghiên cứu, hướng dẫn các quy định liên quan đến thủ tục thi hành quyết định tuyên bố phá sản đảm bảo đồng bộ và rõ ràng để áp dụng hiệu quả, khả thi.